一、液体水溶肥生产过程中容易结晶：通常在液相环境下，养分元素处于过饱和状态。遇外界条件的改变极易产生结晶。结晶体有快速生长和缓慢生长的区别，因此一个液体新配方要观察半年至一年。

二、液体水溶肥生产过程中分层：悬浮肥料经一段时间的放置，出现分层。原因主要是粒子大小不均匀导致的沉降速度不均匀。解决办法是使粒子直径尽可能小，使用合适的悬浮肥。

三、液体水溶肥生产过程中粘度增加，流动性差：高盐浓度下，当温度降低时，悬浮肥料粘度升高，流动性显着降低。用户不易倒出。

四、液体水溶肥生产过程中胀气：是液体水溶肥料包装中最严重的问题。解决办法有增加瓶的抗压强度、调整肥料的酸碱度（偏碱性有利于减少气胀）、减少尿素的使用量、采用透气瓶盖、采用透气PE材料等。

水溶肥在生产过程中容易出现各种各样的问题，但是经过科学试验、实践检验过的水溶肥在施用过程中，肥效显著，增产效果明显。